El comercio ilegal de plantas, los rellenos sanitarios, la contaminación atmosférica y el deterioro ambiental, han dañado los ecosistemas naturales en donde habitan flores, árboles y arbustos, ocasionando la disminución de sus poblaciones.
En particular, el crecimiento de la mancha urbana ha puesto en peligro la flora que crece en la Reserva del Pedregal de San Ángel y la Sierra de Guadalupe, en donde habitan especies de plantas que no existen en ningún otro sitio.